Отдел первичного семеноводства - ведущий научный отдел института. Основная задача отдела - изучение адаптивных и иммунологических свойств сортообразцов зерновых, зернобобовых, масличных культур и картофеля с целью выделения наиболее устойчивых к вредителям и болезням, обладающих высокой продуктивностью для дальнейшей селекционной работы, размножение семян как районированных, так и перспективных сортов нового поколения сельскохозяйственных культур в питомниках с последующей передачей семян производственным подразделениям института для выращивания суперэлиты и элиты.

Ежегодно отдел первичного семеноводства при участии отдела кормопроизводства проводит оценку по комплексу хозяйственно-ценных признаков, включая устойчивость к биотическим и абиотическим стресс-факторам 70-75 сортов зерновых колосовых культур (озимые пшеница, рожь, тритикале, яровая пшеница, ячмень, овёс плёнчатый и голозёрный), 30-40 зернобобовых (горох посевной и полевой, люпин, соя, бобы кормовые, вика яровая), 15-20 крупяных (просо, гречиха), 15-20 ярового рапса, 40-45 гибридов кукурузы силосного и зернового направления, 25-30 картофеля, 25-30 многолетних трав (клевера луговой и гибридный, люцерна, лядвенец и др.). Оригинальные семена сортов и гибридов отдел получает от научных учреждений-оригинаторов, с многими из которых проводится совместная селекционная работа.

Одновременно с этим отдел проводит исследования по разработке сортовых технологий возделывания культур, технологических схем подработки, сушки, очистки и хранения семян, которые с успехом используются институтом в практической работе.

В отделе поддерживается высокая агротехника выращивания сельскохозяйственных культур в 10-польном биологизированном севообороте. Благодаря этому средняя урожайность зерновых составляет 4,5-6,0 т/га, зернобобовых - 2,0-3,7, гречихи - 2,3-2,8, картофеля - 30-35 т/га.

Опытные посевы отдела являются объектом проведения многочисленных экскурсий для руководителей и специалистов сельхозпредприятий и фермеров.